Antibiotiki se uporabljajo za zdravljenje resnih bakterijskih okužb. Uničujejo slabe bakterije in dobre, zato je treba uporabiti kot zadnjo možnost. Po podatkih Doggies Paradise, spletne strani o zdravju, povezani s psihoanalizo, ko se antibiotiki končajo, slabe bakterije pogosto rastejo hitreje kot dobro. To lahko povzroči prebavne motnje in bolezni v črevesnem traktu. Lastniki hišnih živali so že stoletja uporabljali alternativna zdravila in vse naravne antibiotike za zdravljenje bolezni pri psih. Ta poceni način zdravljenja učinkovito obravnava zdravje psov brez ubijanja dobrih bakterij, ki jih telo potrebuje za optimalno zdravje.
Veterinarji pogosto predpisujejo antibiotična zdravila za bakterijske okužbe, včasih pa tudi za virusne ali glivične okužbe, na katere antibiotiki nimajo pozitivnega učinka.
Znano je, da antibiotiki pri dajanju psi povzročijo neželene stranske učinke in prispevajo k sekundarnim okužbam, kot so okužbe dihal in ušesne bolezni.